Koniec II wojny światowej przyniósł nieodwracalne zmiany w sytuacji Kościoła prawosławnego w Polsce. W porównaniu z okresem przedwojennym jego stan posiadania zmniejszył się ponad dziesięciokrotnie. Przejęcie władzy przez komunistów i zaimplementowanie ich ideologii przez państwo uczyniło z Kościoła i wiernych obiekt represji. Specyfika etniczna wspólnoty spowodowała, że polityka władz komunistycznych względem Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego (PAKP) stała się też jednym z głównych elementów polityki narodowościowej.
W pierwszych latach powojennych kolejnym dotkliwym ciosem zadanym Kościołowi prawosławnemu były masowe przymusowe przemieszczenia ludności. Najpierw w latach 1944–1946 zorganizowano deportację (oficjalnie nazywaną „repatriacją”) ludności ukraińskiej i białoruskiej do ZSRS. Wśród „repatriowanych” było pół miliona Ukraińców, w tym wielu prawosławnych. Niekiedy drogę z nimi przebywały najcenniejsze zabytki chrześcijaństwa ukraińskiego. Tak było w przypadku Ikony Matki Bożej Chełmskiej, którą ocaliła rodzina ks. Hawryiła Korobczuka wywożąc do Ukrainy.
W 1947 roku niemal wszystkie osoby narodowości ukraińskiej mieszkające na Chełmszczyźnie i Południowym Podlasiu, Łemkowszczyźnie i Nadsaniu, które uniknęły „repatriacji” wysiedlono w ramach akcji „Wisła”. Ich los podzieliła część duchownych prawosławnych. Ludzi osiedlano na tzw. Ziemiach Odzyskanych, tj. terenach przyłączonych po wojnie do państwa polskiego. Kilka tysięcy Ukraińców zostało wówczas aresztowanych, część z nich osadzono w obozie w Jaworznie. W tej ostatniej grupie uwięzionych znalazło się pięciu duchownych prawosławnych: Damian Towstiuk, Bazyli Laszenko, Józef Kundeus, Mikołaj Kostyszyn i Aleksy Nestorowicz.
Na mocy decyzji władz komunistycznych Kościół prawosławny utracił nie tylko tysiące swoich wiernych, ale też posiadane nieruchomości i instytucje. Zlikwidowano prawosławne seminaria duchowne w Warszawie i Chełmie, Studium Teologii Prawosławnej przy Uniwersytecie Warszawskim, duszpasterstwo wojskowe, przestały ukazywać się wydawnictwa diecezjalne i metropolitarne (poza „Wiadomościami Metropolii Prawosławnej w Polsce”). Na terenach opuszczonych przez ludność ukraińską prawosławni utracili świątynie; część cerkwi została zamknięta, inne przejął Kościół rzymskokatolicki.
W wyniku akcji „Wisła” ukraińska ludność prawosławna pozbawiona została opieki duchowej, udziału w nabożeństwach, dostępu do świątyń i cmentarzy. Na obszarach Łemkowszczyzny i Nadsania przez dziewięć lat nie działała ani jedna parafia prawosławna. Trochę lepiej było na Chełmszczyźnie i Południowym Podlasiu, gdzie czynnych pozostało 10 parafii i monaster św. Onufrego w Jabłecznej. Nierzadkie były sytuacje, gdy chroniący się przed wywózką, przy czym dotyczyło to nie tylko prawosławnych, dokonywali konwersji na rzymski katolicyzm.
Kluczową kwestią w latach powojennych była potrzeba odtworzenia prawosławnego episkopatu w Polsce. Bez niego nie można byłoby mówić o samodzielności lokalnego Kościoła prawosławnego. Tymczasem władze komunistyczne, mając za sobą ogromny aparat przymusu, ingerowały w ten proces, wpływały na obsadzanie stanowisk, naciskały na biskupów i duchownych. W obawie przed aresztowaniami biskupi prawosławni znajdujący się w Europie Zachodniej nie mogli wrócić do Polski. Latem 1944 roku na obszarze wyzwolonym spod okupacji niemieckiej przebywał jedynie biskup lubelski Tymoteusz (Szretter). Dopiero kilka miesięcy później, w kwietniu 1945 roku, do Warszawy powrócił stojący na czele Kościoła prawosławnego w Polsce metropolita Dionizy. Na barki obu hierarchów spadło zadanie reorganizacji i odbudowy lokalnych struktur kościelnych. Reprezentowali oni rozbieżne podejście względem niezależności; metropolita Dionizy konsekwentnie opowiadał się za zachowaniem autokefalii, zaś drugi z hierarchów od 1945 roku czynił starania, by ją zlikwidować i podporządkować Rosyjskiemu Kościołowi Prawosławnemu. Spór jurysdykcyjny od zakończenia działań wojennych miał też wymiar lokalny. Parafiami na Białostocczyźnie i Północnym Podlasiu próbowali zarządzać biskup miński Bazyli (Rotmirow) z Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego i równolegle biskup lubelski Tymoteusz.
Obok wymienionych hierarchów w Polsce przebywał też biskup Jerzy (Korenistow). Z pochodzenia był Rosjaninem, a obywatelstwo polskie uzyskał jeszcze w okresie międzywojennym. Nie wchodził on w skład miejscowego episkopatu prawosławnego, dołączył do niego dopiero pod koniec 1947 roku. Spowodowane to było dyskusją wokół święceń biskupich, które uzyskał w latach wojennych jako hierarcha Ukraińskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego na wyzwolonych ziemiach ukraińskich.
Pod koniec lat czterdziestych XX wieku nastąpiło zaostrzenie polityki religijnej, a bezpośrednią jej ofiarą stał się metropolita Dionizy. Hierarcha próbował unormować stosunki z władzami i zachować samodzielność Kościoła. Komuniści szukali zaś pretekstu do jego odsunięcia. W lutym 1948 roku metropolitę osadzono w areszcie domowym w Otwocku. W kwietniu tego samego roku prezydent Bolesław Bierut cofnął mu uznanie, natomiast minister administracji publicznej Edward Osóbka-Morawski – z zamiarem przejęcia zarządu nad Kościołem prawosławnym – powołał Tymczasowe Kolegium Rządzące Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego. Nowoutworzone Kolegium było organem nie tyle nieprzewidzianym przepisami prawa i podatnym na ingerencję władz, co przede wszystkim naruszającym porządek kanoniczno-hierarchiczny. W jego skład weszło dwóch biskupów, czterech księży oraz jedna osoba świecka. Funkcję przewodniczącego Kolegium powierzono arcybiskupowi Tymoteuszowi.
Decyzji o pozbawieniu metropolity Dionizego możliwości kierowania Kościołem prawosławnym w Polsce nie uznała większość autokefalicznych Kościołów prawosławnych. Pozwoliła ona natomiast polskim komunistom skutecznie zastraszyć hierarchię i duchowieństwo, uczynić ich podatnymi na różne formy nacisku. Dążąc do ustanowienia w państwie ustroju totalitarnego komuniści chcieli decydować o funkcjonowaniu, losie i obliczu Kościoła prawosławnego. Pod tym względem musieli się liczyć jedynie ze stanowiskiem władz sowieckich w Moskwie, które miały własne plany wobec PAKP. Zmierzały one do podporządkowania go wpływom i kierownictwu Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego (RKP). Dopiero pod wpływem władz z Warszawy w Moskwie zgodzono się na ustępstwa względem autokefalii PAKP.
By zachować pozory, że decyzję podjęto wyłącznie na gruncie kościelnym, w czerwcu 1948 roku delegacja Tymczasowego Kolegium Rządzącego udała się z wizytą do ZSRS. Po przyjeździe do Moskwy „wyrzekła się” autokefalii PAKP otrzymanej od patriarchy konstantynopolitańskiego w roku 1924, a następnie patriarcha moskiewski Aleksy I „nadał” Kościołowi prawosławnemu w Polsce nową autokefalię. Decyzja ta do dzisiaj pozostaje aktem konstytuującym ustrój Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego. „Wyrzeczenie się” i przyjęcie z rąk patriarchy rosyjskiego koncesjonowanej autokefalii było wydarzeniem bezprecedensowym i nie wolnym od kontrowersji ze względu na wadliwość prawną decyzji naruszającej porządek kanoniczny i stosowane dotąd reguły.
Ponieważ władze komunistyczne nie zgodziły się na przywrócenie metropolicie Dionizemu godności zwierzchnika Kościoła prawosławnego w Polsce, w jego zastępstwie PAKP tymczasowo kierował arcybiskup Tymoteusz. Sprawa osoby, której można powierzyć kierownictwo, była przedmiotem dyskusji i uzgodnień między władzami sowieckimi i polskimi. W Moskwie opowiadano się za wysłaniem biskupa z RKP, w Warszawie skłaniano się do członka episkopatu serbskiego lub bułgarskiego Kościoła prawosławnego. Kwestia ta pozostawała nierozstrzygnięta aż do roku 1951, kiedy z ZSRS do Polski przybył arcybiskup lwowski i tarnopolski Makary (Oksijuk).
Niższe duchowieństwo i wierni nie mieli możliwości wpływu na obranie arcybiskupa Makarego zwierzchnikiem PAKP. Decyzji tej towarzyszyły kontrowersje zarówno względem osoby nowego metropolity, jak też kwestii natury proceduralnej (sposobu powierzenia zwierzchnictwa). Wybór osoby nie był przypadkowy, lecz związany z wcześniejszą działalnością hierarchy jako biskupa lwowskiego i tarnopolskiego i odegranej przez niego roli w ustanawianiu wpływów RKP na obszarach galicyjskich po II wojnie światowej oraz wyznaczonymi mu zadaniami. W chwili przejęcia kierownictwa nad Kościołem prawosławnym w Polsce metropolita Makary był jedynym Ukraińcem w szeregach prawosławnego episkopatu. Pochodzący z Południowego Podlasia hierarcha był rodzonym bratem biskupa Józefa, represjonowanego hierarchy Ukraińskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego. Nie przeszkadzało to mu być zwolennikiem rusyfikacji życia cerkiewnego w Polsce oraz ograniczania w Kościele różnych form przejawów ukraińskości.
Pod kierownictwem metropolity Makarego nastąpiła pewna stabilizacja życia religijnego, reorganizacja struktury administracyjnej PAKP i zarazem wprowadzono ściślejszą kontrolę i nadzór. Na terenie kraju czynne były wówczas 132 parafie prawosławne obsługiwane przez 160 duchownych. Metropolita uzyskał zgodę na otwarcie seminarium prawosławnego (1951), a później Sekcji Prawosławnej przy Chrześcijańskiej Akademii Teologicznej (1957). Popierał on poszerzanie wpływów prawosławia wśród ludności ukraińskiej wysiedlonej w ramach akcji „Wisła”. Od 1956 roku z powodu choroby spadła efektywność pracy hierarchy. W roku 1959 formalnie przekazał obowiązki swemu zastępcy arcybiskupowi Tymoteuszowi, a rok później wyjechał do ZSRS, gdzie wkrótce zmarł.
Druga połowa lat pięćdziesiątych XX wieku to okres, gdy władze komunistyczne w stosunku do Kościoła prawosławnego przeszły od polityki represji do polityki reglamentacji. Zgoda na powrót części wysiedlonych w ramach akcji „Wisła” skutkowała reglamentowaną „liberalizacją” polityki wyznaniowej i była konsekwencją końca epoki stalinizmu w Polsce. Zaowocowało to widocznymi zmianami. Wraz z powrotami wysiedlonych liczba parafii prawosławnych na Chełmszczyźnie i Południowym Podlasiu nieznacznie wzrosła. Dopiero w 1956 roku udało się uruchomić pierwszą parafię na Łemkowszczyźnie (Bartne). Do jesieni 1960 roku działało tam już 18 placówek duszpasterskich (parafii i filii), a w roku 1966 było ich 30 (obsługiwanych przez 10 duchownych). Specyfiką tego obszaru były dołączanie do wspólnoty prawosławnych części grekokatolików czy też organizacja życia parafialnego z wykorzystaniem byłych świątyń greckokatolickich. Nowe parafie powstawały również na tzw. Ziemiach Odzyskanych, gdzie miały służyć potrzebom zarówno dobrowolnie osiedlającej się tam ludności prawosławnej, jak też deportowanym w ramach akcji „Wisła”.
W maju 1961 roku – pod presją władz – nowym metropolitą warszawskim obrano arcybiskupa Tymoteusza. Funkcję tę sprawował krótko, a po jego śmierci w roku 1962 locum tenens metropolii warszawskiej został arcybiskup Jerzy (Korenistow). Hierarcha ten spotkał się z kontrakcją nieprzychylnie do niego nastawionej Służby Bezpieczeństwa, która przez kilka lat skutecznie uniemożliwiała wyświęcenie go na metropolitę.
W 1965 roku nowym metropolitą został arcybiskup Stefan (Rudyk), będący wcześniej ordynariuszem diecezji wrocławsko-szczecińskiej, a potem białostocko-gdańskiej. Pochodzący z dzisiejszego powiatu lubaczowskiego hierarcha w okresie przedwojennym był kapelanem Wojska Polskiego. Powierzony mu urząd zwierzchnika PAKP sprawował do swej śmierci w 1969 roku. Kontynuował on działania na rzecz przyciągania do prawosławia ludności greckokatolickiej, z drugiej strony musiał się zmierzyć z zarzutami pozostałych biskupów prawosławnych oskarżających go o ukrainizowanie Kościoła prawosławnego na terenach ówczesnych województw rzeszowskiego, olsztyńskiego i wrocławskiego.
Po śmierci metropolity Stefana nie doszło do automatycznego wyboru zwierzchnika PAKP. Nowego metropolitę warszawskiego wybrano dopiero w roku 1970 i został nim biskup Bazyli (Doroszkiewicz), który w przeciwieństwie do swego poprzednika nie był pochodzenia ukraińskiego. Kierował on Kościołem prawosławnym stosunkowo długo, bo aż do 1998 roku. Początkowo był to okres stabilizacji i stagnacji, później zaś odbudowy zaplecza materialnego i odrodzenia życia religijnego. W okresie jego zwierzchnictwa zapleczem kadrowym PAKP stawało się ówczesne województwo białostockie, jedyny obszar, gdzie przetrwało zwarte osadnictwo ludności prawosławnej, a struktury Kościoła prawosławnego nie zaznały głębokich strat (istniało tam 75 parafii, tj. niemal połowa spośród wszystkich wówczas działających). Niskie poczucie tożsamości narodowej tamtejszej ludności prawosławnej (zarówno w parafiach z ludnością białoruskojęzyczną, jak też w ukraińskojęzycznych parafiach Północnego Podlasia) miało dalekosiężne konsekwencje w procesie kształtowania ówczesnego i współczesnego oblicza PAKP.
Kwestią wymagającą uporządkowania po zakończeniu wojny było ustanowienie nowego podziału diecezjalnego. W granicach państwa polskiego znalazły się diecezje: warszawska, chełmsko-podlaska, część krakowsko-łemkowsko-lwowskiej i grodzieńskiej oraz parafie podległe w czasie wojny metropolicie berlińskiemu Serafinowi z Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego za Granicą. W lipcu 1946 roku obszar państwa podzielono na trzy diecezje: warszawską, białostocko-bielską i ziem odzyskanych. Dwa lata później zreorganizowano je powołując diecezje: warszawsko-bielską, białostocko-gdańską i łódzko-poznańską. W trakcie następnej reformy struktury terytorialnej (1951) zlikwidowano ostatnią z wymienionych i w jej miejsce powołano dwie nowe: łódzko-poznańską i wrocławsko-szczecińską.
W wyniku przesiedleń prawosławni Ukraińcy byli rozproszeni i mieszkali w każdej z diecezji. Nie zmieniły tego decyzje z roku 1983, gdy utworzono odrębną diecezję przemysko-nowosądecką, ani z 1989 roku, gdy powołano diecezję lubelsko-chełmską. Obie diecezje traktowano jako jednostki historyczne obejmujące obszary zamieszkane przez autochtoniczną ludność ukraińską i posiadające hierarchów pochodzenia ukraińskiego. Ordynariuszem pierwszej z nich został pochodzący z Florynki biskup Adam (Dubec), drugiej – urodzony na Północnym Podlasiu biskup Abel (Popławski).
Na przestrzeni całego okresu powojennego struktura etniczna wiernych powodowała, że w życiu PAKP ważną rolę odgrywała kwestia narodowościowa. W obrębie wspólnoty prawosławnej dominowała ludność ukraińska i białoruska, posiadająca poczucie swej odrębności kulturowej w stosunku do większości obywateli państwa. Z biegiem lat zintensyfikował się proces jej asymilacji i polonizacji. Pomimo deklaratywnej wieloetniczności Kościół prawosławny trwał jako instytucja zachowująca charakter rosyjski, bagatelizując pochodzenie etniczne wiernych. Językiem kazań na ogół pozostawał język rosyjski (od końca lat osiemdziesiątych z silną tendencją do zastępowania go językiem polskim), nabożeństwa odprawiano w języku cerkiewnosłowiańskim z wymową rosyjską, a tradycje liturgiczne zachowywały obrządek synodalny. Nieco inaczej wyglądało to na obszarach Łemkowszczyzny, Nadsania i w miejscach, gdzie znaleźli się pochodzący stamtąd wysiedleńcy akcji „Wisła”. W tamtejszych parafiach w kazaniach pojawiał się język ukraiński (w wersji literackiej lub dialekcie), a nabożeństwa odprawiano w języku cerkiewnosłowiańskim z wymową ukraińską. Kwestia ukraińska, chociaż wiodła prym, to napotykała przeszkody, a jej eksponowanie i wychodzenie poza granice potrzeb życia codziennego spotykało się z dystansowaniem wobec duchownych i wiernych. Niemniej w latach sześćdziesiątych XX wieku zaczęły pojawiać się wydawnictwa kościelne w języku ukraińskim („Cerkownyj kałendar”), w seminarium wprowadzono nauczanie przyszłych duchownych języka ukraińskiego.
Negatywne postrzeganie kwestii ukraińskiej przez władze komunistyczne, lansowanie negatywnego stereotypu i częste wykorzystywanie go w języku oficjalnej propagandy czynników państwowych znajdowało odzwierciedlenie w życiu Kościoła prawosławnego. Wysunięcie przez władze oskarżenia o „nacjonalizm ukraiński” groziło aresztowaniem (sprawa ks. Aleksandra Czubaka-Podolskiego). W obawie przed takimi zarzutami, dyskredytacją czy też stygmatyzacją część duchownych i wiernych ukrywała swoje ukraińskie pochodzenie. Przykładem może służyć akcja rejestracyjna duchownych w latach 1953–1954, kiedy na 153 zarejestrowane osoby tylko osiem przyznało się do narodowości ukraińskiej. Ukraińskość wiernych była też przeszkodą w odtwarzaniu struktury parafialnej, w szczególności wśród ludności powracającej w strony rodzinne po 1956 roku. Duchowni używający języka ukraińskiego, otwarcie opowiadający się za wprowadzeniem go do cerkwi byli inwigilowani, Służba Bezpieczeństwa zakładała im sprawy operacyjne (spotkało to m.in. księży Mikołaja Poleszczuka, Jerzego Zilitynkiewicza, Piotra Hnata, Bazylego Roszczenkę, Bazylego Janickiego, Bogdana Sencio, Mikołaja Słokotowicza), a niekiedy pod naciskiem władz komunistycznych byli oni usuwani z parafii.
Znaczące zmiany w życiu religijnym prawosławnych nastąpiły wraz z demokratyzacją życia politycznego w Polsce. Po upadku systemu komunistycznego PAKP posiadał 223 parafie, 400 budynków sakralnych i 259 duchownych. Ponad dwie dekady później liczba parafii sięgnęła 250, a duchownych – 472. Doskonałym przykładem dynamiki są najmłodsze restytuowane diecezje. Pod opieką arcybiskupa przemyskiego i nowosądeckiego Adama w 2016 roku na Łemkowszczyźnie i Nadsaniu czynne były 23 parafie i 14 filii. Jeszcze aktywniej proces ten widoczny był na terenie Chełmszczyzny i Południowego Podlasia. W momencie utworzenia diecezji w 1989 roku funkcjonowało tam 16 parafii, jeden monaster męski w Jabłecznej (obecnie podporządkowany metropolicie Sawie) oraz Wyższe Seminarium Duchowne w Jabłecznej. Trzy dekady później pod opieką arcybiskupa lubelskiego i chełmskiego Abla były monaster żeński w Turkowicach i męski w Kostomłotach, żeński dom zakonny w Holeszowie oraz 31 parafii i pięć filii. Struktura parafialna diecezji osiągnęła niemal połowę stanu sprzed II wojny światowej, ale liczebność wiernych ciągle była ok. 25-krotnie mniejsza. Wymownym śladem minionych wydarzeń na Chełmszczyźnie i Południowym Podlasiu jest również to, że Kościół włada obecnie na tym terenie 48 cerkwiami i aż 270 cmentarzami.
dr hab. Roman Wysocki