9 września 1944 roku podpisano umowę o wymianie ludności między Polskim Komitetem Wyzwolenia Narodowego a rządem Ukraińskiej Socjalistycznej Republiki Sowieckiej. Na jej mocy ludność ukraińska miała opuścić Polskę, a Polacy Ukrainę sowiecką. Akcją wysiedleńczą władze objęły również duchowieństwo greckokatolickie, widząc w tym z jednej strony możliwość likwidacji tego obrządku, a z drugiej – czynnik przyspieszający wyjazd ludności ukraińskiej z Polski. Podkreślmy jednak, że działania na tym polu strona polska podjęła po rozpoczęciu przez władze sowieckie likwidacji tego obrządku w ZSRS. 8–10 marca 1946 roku obradował we Lwowie synod Cerkwi greckokatolickiej, na którym podjęto uchwałę o przejściu na prawosławie. Dodajmy, że synod był niekanoniczny, a przez to nielegalny, gdyż nie wziął w nim udziału żaden z biskupów greckokatolickich. Większość księży była dowieziona do Lwowa pod eskortą sił bezpieczeństwa i do ostatniej chwili nie orientowała się, w czym będą uczestniczyli. Z likwidacją swego kościoła nie pogodzili się księża i wierni, którzy przeszli do podziemia. W odróżnieniu od strony sowieckiej w Polsce nie starano się nadać likwidacji Cerkwi greckokatolickiej form prawnych. Władze uważały bowiem, że wysiedlenie duchowieństwa i ludności doprowadzi automatycznie do rozwiązania tego problemu. 26 czerwca 1946 roku aresztowano bpa Jozafata Kocyłowskiego, a następnie jego sufragana bpa Hryhorija Łakotę. Obaj zostali przekazani władzom sowieckim i osadzeni w obozach, gdzie w krótkim czasie w wyniku tortur fizycznych i psychicznych zmarli. Badacze przyjmują, że w latach 1944–1946 zginęło co najmniej 23 księży greckokatolickich, a około 300 wysiedlono. Zlikwidowano niemal wszystkie męskie i żeńskie domy zakonne oraz instytucje i organizacje religijne. Według Igora Hałagidy wiosną 1947 roku na terenie Polski było jeszcze około 120 księży diecezjalnych oraz około 10 zakonników.
W kwietniu 1947 roku władze komunistyczne rozpoczęły kolejną akcję wysiedleńczą ludności ukraińskiej w Polsce. Tym razem deportowano ją na ziemie zachodnie i północne Polski w ramach akcji „Wisła”. W jej wyniku osiedlono tam prawie 150 tys. osób, z czego przyjmuje się, że 2/3 stanowili grekokatolicy. Deportacja ludności i duchowieństwa ostatecznie spowodowała upadek greckokatolickiej diecezji przemyskiej i Apostolskiej Administracji Łemkowszczyzny. Wraz z wiernymi wysiedlono większość księży greckokatolickich, a 22 osadzono w Centralnym Obozie Pracy w Jaworznie. Jedynie sześciu duchownych pozostało na dawnym terenie. Władze komunistyczne uznały, że wysiedlenie duchowieństwa greckokatolickiego, hierarchów oraz wiernych doprowadziło do likwidacji Cerkwi greckokatolickiej w Polsce. Nie podjęły jednak żadnych kroków, aby temu nadać jakieś, nawet pozorowane, podstawy prawne, jak to zrobiły władze sowieckie w 1946 roku, rumuńskie w roku 1948 i czechosłowackie w 1950 roku.
Po wysiedleniu niektórzy księża zaprzestali wykonywania posług kapłańskich. Inni przeszli na obrządek rzymskokatolicki. Jeszcze inni, jak ks. Orest Seredyński w Bytowie odprawiali nabożeństwa „przy zamkniętych drzwiach”. Wyjątek stanowił tutaj ks. Mirosław Ripecki, który w jednym z pomieszczeń przydzielonej mu na mieszkanie nieczynnej szkoły urządził kaplicę i 2 lipca 1947 roku odprawił pierwszą mszę. W ślady ks. Ripeckiego poszli inni. Ks. Bazyli Hrynyk, będąc administratorem rzymskokatolickiej parafii w Wiercinach, za zgodą Kurii w Gdańsku, zaczął od kwietnia 1948 roku odprawiać msze co dwa tygodnie w Nowym Dworze Gdańskim. Z czasem otrzymał kościół wraz z plebanią w pobliskim Cyganku, co umożliwiło mu odprawianie liturgii w każdą niedzielę. Od 1950 roku, po śmierci ks. Seredyńskiego, uzyskał zgodę Kurii w Gorzowie Wielkopolskim na odprawianie nabożeństw w Bytowie i Kwasowie koło Sławna.
W tym czasie jednak poszczególni hierarchowie, a także księża rzymskokatoliccy prezentowali różny stosunek wobec zagadnienia greckokatolickiego – od niechęci po przychylność. Takie odmienne postawy wynikały z tego, że Episkopat nie miał jeszcze sformułowanej polityki wobec grekokatolików. Obawiali się zapewne, że odnowienie działalności Cerkwi greckokatolickiej mogłoby stać się jeszcze jednym źródłem pogłębiającego się konfliktu między Kościołem rzymskokatolickim a władzami. Nie bez znaczenia była tutaj na pewno niechęć ludności polskiej do ukraińskiej, z którą kler rzymskokatolicki musiał, jeżeli nie liczyć się, to przynajmniej brać pod uwagę. Dopiero pod naciskiem części księży greckokatolickich oraz wobec zarysowującej się możliwości przejścia grekokatolików na prawosławie prymas Stefan Wyszyński w 1952 roku zezwolił ks. Hrynykowi na odprawianie nabożeństw w Bytowie i Nowym Dworze. Z jego polecenia w kwietniu 1952 roku ordynariusz diecezji warmińskiej oficjalnie erygował kaplicę greckokatolicką w Chrzanowie, a ks. M. Ripeckiego mianował jej rektorem.
Aktywność grekokatolików spowodowała przeciwdziałanie władz państwowych, które postanowiły ostatecznie zlikwidować Cerkiew greckokatolicką w Polsce. Temu celowi miało służyć zastosowanie represji wobec aktywnych duchownych greckokatolickich oraz przejęcie wiernych przez Cerkiew prawosławną w Polsce. Tak zwaną akcję misyjną Kościoła prawosławnego wśród grekokatolików władze uzupełniły represjami wobec ich duchownych. W grudniu 1952 roku aresztowano przełożonego zakonu bazylianów o. Pawła Puszkarskiego, ks. dr. Mykołę Deńkę oraz o. Pasywa Szewahę, a w kwietniu 1954 roku ks. Hrynyka, skazując ich na kary kilkuletniego więzienia.
Możliwość zmiany położenia duchowieństwa i wiernych greckokatolickich przyniosły wydarzenia 1956 roku w ZSRS i Polsce. W tym też czasie z więzień zaczęto zwalniać wcześniej aresztowanych duchownych greckokatolickich. 14 listopada 1956 roku ks. B. Hrynyk wręczył prymasowi memoriał duchowieństwa greckokatolickiego w Polsce, w którym w imieniu wiernych postulowano nie tylko reaktywowanie Cerkwi greckokatolickiej w Polsce, ale także upomniano się o jej majątek, który na mocy dekretu z 28 września 1949 roku został przejęty przez Skarb Państwa. Następnie 29 listopada księża Hrynyk i Ripecki przedłożyli na ręce prymasa Stefana Wyszyńskiego petycję, w której powtórzono wcześniejsze postulaty oraz domagano się przywrócenia Cerkwi przejętego majątku, wypłacenia odszkodowań za rozebrane i zniszczone świątynie.
Władze dalekie jednak były od reaktywowania Cerkwi greckokatolickiej w Polsce. Swoją postawę motywowały względami politycznymi i ekonomicznymi. Polska była jedynym krajem socjalistycznym, w którym nie zniesiono formalnie ani faktycznie tego wyznania. Obawiano się również, że reaktywowanie tej Cerkwi pociągnęłoby za sobą nie tylko konieczność zwrotu przejętego mienia, ale także wypłacenia ekwiwalentu za budynki rozebrane i użytkowane przez inne instytucje. W tej sytuacji władze zgodziły się jedynie na odprawianie nabożeństw greckokatolickich w ramach Kościoła rzymskokatolickiego. Niemniej decyzja ta umożliwiła części grekokatolików zaspokajanie swych potrzeb religijnych oraz liczbę placówek greckokatolickich. W 1957 roku za zgodą władz państwowych i kościelnych utworzono 17 placówek, a w roku 1958 dalsze 15.
8 września 1967 roku prymas mianował ks. Hrynyka swoim generalnym wikarym dla wiernych obrządku greckokatolickiego. Decyzja ta była rozwiązaniem połowicznym, gdyż grekokatolicy oczekiwali na swego biskupa. Niemniej był to swoistego rodzaju ich bezpośredni zwierzchnik, który mógł teraz organizować duszpasterstwo, reprezentować przed prymasem i innymi hierarchami, a także występować przed władzami, mimo że nie uznawały tej nominacji. Napawało to grekokatolików nadzieją na poprawę swego położenia i mobilizowało do dalszych działań. O swe prawa upominali się zwłaszcza w okresie kryzysów i przełomów politycznych. Działania te jednak kończyły się niepowodzeniem. Po śmierci ks. mitrata Bazylego Hrynyka, 14 czerwca 1977 roku prymas Wyszyński mianował wikariuszem generalnym ks. Stefana Dziubynę, który kontynuował starania swego poprzednika o legalizację Cerkwi greckokatolickiej w Polsce.
Z początkiem lat 80. w wyniku powstania „Solidarności” modyfikacji uległa polityka władz wobec Cerkwi greckokatolickiej. Otóż sprawę uruchamiania nowych placówek greckokatolickich uzależniły od zgody władz kościelnych. Dlatego też duchowieństwo i wierni tego obrządku swe żądania kierowali głównie pod ich adresem. Jednak władze kościelne nie były skłonne przystać na realizację postulatów grekokatolików związanych z reaktywacją ich Kościoła. Nowy prymas Józef Glemp zdecydował się na niewielkie kroki. Dokonał podziału placówek greckokatolickich na dwa wikariaty – 22 grudnia 1981 roku mianował o. Jozafata Romanka wikariuszem generalnym dla wikariatu północnego, a ks. Jana Martyniaka dla południowego. Wikariat północny podzielono na dekanaty olsztyński i koszaliński, a południowy na wrocławsko-legnicki i przemyski. Ks. Dziubyna zachował tytuł wikariusza kapituły przemyskiej, nadany mu przez metropolitę greckokatolickiego kard. Josyfa Slipego. Niemniej stanowisko Episkopatu uległo zmianie, bowiem od wyboru papieża Jana Pawła II ogólne nastawienie Stolicy Apostolskiej do dążeń grekokatolików stało się o wiele bardziej przychylne, czego wymownym przykładem były zapoczątkowane w 1984 roku przyjazdy do Polski greckokatolickiego abp. Myrosława Marusyna, zarazem sekretarza Kongregacji Kościołów Wschodnich. W ciągu czterech wizyt wyświęcał on nowych księży i odwiedzał parafie greckokatolickie. Dla wiernych i duchowieństwa spotkania te miały istotne znaczenie psychologiczne, gdyż były świadectwem pamięci i opieki nad nimi ze strony Stolicy Apostolskiej i hierarchii greckokatolickiej. Przyczyniły się także do postawienia problemu unickiego na odpowiednim poziomie państwowym, zdejmując pieczęć milczenia i niewiedzy otaczającą ten obrządek, który w 1983 roku liczył sobie 70 placówek obsługiwanych przez 47 duchownych. Wymownym przykładem zbliżenia obu obrządków stały się wspólne obchody Milenium Chrztu Rusi na Jasnej Górze w Częstochowie w 1988 roku.
Wyraźne zmiany w położeniu grekokatolików w Polsce nastały po wyborach czerwcowych 1989 roku. Już w lipcu 1989 roku papież Jan Paweł II mianował na biskupa pomocniczego prymasa dla grekokatolików w Polsce ks. Jana Martyniaka. Chirotonia pierwszego po 1946 roku biskupa greckokatolickiego odbyła się 16 września na Jasnej Górze z udziałem 12 biskupów greckokatolickich, duchowieństwa rzymskokatolickiego na czele z kard. Glempem oraz około 6–7 tys. wiernych z całej Polski i zza granicy. Było to oficjalne uznanie legalności Cerkwi greckokatolickiej w Polsce. 16 stycznia 1991 roku bp J. Martyniak został mianowany ordynariuszem greckokatolickiej diecezji przemyskiej. Tym samym nastąpiło odnowienie jej działalności po deportacji jej hierarchów w 1946 roku. Była to swoistego rodzaju sprawiedliwość dziejowa i znak, że „dobro zło zwyciężyło”, czyli fiasko planów i działań likwidacyjnych Cerkwi greckokatolickiej w Polsce, a jednocześnie zwieńczenie sukcesem ponad 40-letnich starań duchowieństwa i wiernych obrządku greckokatolickiego o swoje prawa. Rozpoczął się proces rozbudowy parafii greckokatolickich oraz pozyskiwania poprzez budowę lub adaptację budynków na świątynie greckokatolickie. W 1993 roku Jan Paweł II podporządkował greckokatolicką diecezję przemyską bezpośrednio Stolicy Apostolskiej, a 31 maja 1996 roku utworzył metropolię przemysko-warszawską obrządku greckokatolickiego składającą się z diecezji przemysko-warszawskiej na czele z abp. Martyniakiem i diecezję wrocławsko-gdańską na czele z ordynariuszem bp. Teodorem Majkowiczem, których granice rozgraniczała rzeka Wisła. Po śmierci bp. Majkowicza jego następcą został bp Włodzimierz Juszczak. Jego ingres miał miejsce 19 czerwca 1999 roku we Wrocławiu. W roku 2020 nastąpiła kolejna reorganizacja struktury diecezjalnej Cerkwi greckokatolickiej w Polsce. Metropolię przemyską podzielono na trzy diecezje: wrocławsko-koszalińską na czele z bp. Włodzimierzem Juszczakiem, przemysko-warszawską na czele z metropolitą ks. dr. Eugeniuszem Popowiczem i olsztyńsko-gdańską, której ordynariuszem został ks. dr Arkadiusz Trochanowski. Tym samym Cerkiew greckokatolicka w Polsce uzyskała pełnoprawność kanoniczną, stała się równą wobec innych związków wyznaniowych w Polsce.
prof. Roman Drozd